Se comenzó a construir en 1685 sobre la ermita y sitio del Señor San Sebastián, extramuros de la ciudad, para hospicio y convento de los Religiosos Franciscanos Descalzos de Nuestro Padre San Francisco de la Provincia de San Juan Bautista, sita en los reinos de Valencia y Murcia, cuya casa y convento más próximo era el de Monasterio de Santa Ana del Monte, en Jumilla.

La fundación del convento tuvo orígenes problemáticos, con ella se quiso atajar la sangrienta rivalidad que dividía en dos bandos la ciudad. El Convento fue edificado por los mismos frailes a cuyo frente se encontraba el reverendo Padre Fray Salvador Avellán. El conjunto es inaugurado en 1699, en él se incluía una huerta de ocho tahúllas cercada por una tapia, con agua procedente de la Fuente del Ojo.

La iglesia fue terminada también en 1699. Entre los años 1701 y 1707 se construyen el Retablo Mayor, las bóvedas, el pavimento de los claustros, remate del Altar Mayor, claustros y portería, y se adquieren el Cristo del Coro y ocho cuadros para el refectorio.

El convento fue desamortizado en 1836 y cedido al Ayuntamiento de Cieza en 1839. Posteriormente se utilizó como Cuartel de la Guardia Civil. En 1876, el Ayuntamiento solicita al Estado que se destine a instrucción pública y se crea el Colegio de «La Purísima y San Luis Gonzaga», que permanece hasta 1885, pasando entonces a ser Asilo de Ancianos.

Posteriormente, las dependencias del convento han cumplido diversas funciones, albergando una clínica de natalidad. Actualmente el edificio se divide en dos partes: La Iglesia y la parte interior de las dependencias pertenecen a la parroquia y albergan los salones parroquiales y la vivienda del párroco. La zona circundante al claustro, en el cual se localiza una antigua boca de pozo, cumple a su vez las funciones de biblioteca municipal, sala de estudio y sede del centro de estudios históricos fray Pascual Salmerón.