En 1724 el Cardenal Belluga, entonces todavía Obispo, aprueba la erección de la Cofradía de San Pedro en la Iglesia de Nuestra Señora de la Asunción a solicitud del Párroco de la misma D. José Roldán. Enfocada hacia el culto y la celebración de la fiesta del Santo, la Cofradía, que se benefició de varios heredamientos, tuvo en ésta su primera época una afiliación restringida, pues su pertenencia a la misma estaba permitida sólo al clero de la villa.

La Cofradía contó con una Imagen, cuyo autor y características se desconocen, realizada en 1754, como se desprende de un apunte de su Libro de cuentas fechado el primer día de julio de ese año: “Del cajón para traer al Sr. San Pedro, 30 reales; de la conducción de dicha imagen, 8 reales; de la embrilla y tornillo para dicha imagen, 4 reales”. La Imagen se procesionaba el día de su onomástica, como confirma otro apunte de 1784: “por el dorado de las andas de San Pedro, 240 reales”.

A finales del siglo XVIII, tal vez coincidiendo con el Decreto del Conde de Aranda, en cuya relación ya no aparece, la Cofradía entró en declive, para volver a ser reconstituida, al parecer, alrededor de 1830, pero ahora sin el carácter exclusivamente clerical que la había caracterizado con anterioridad.

Será en 1890 cuando, gracias a la labor en pro de la Semana Santa ciezana del Presbítero D. Pedro Marín Martínez, Confesor de la Reina María Cristina y Capellán de las monjas Claras, haga su aparición en nuestras Procesiones una nueva Imagen del titular que el propio D. Pedro Marín, D. Pedro "Macharro" como popularmente se le conocía, encargó al escultor Joaquín Eusebio Baglietto, tal como figura en el libro de encargos del escultor: “Por la construcción de un San Pedro Apostol de la Negacion de altura del natural medio arrodillado sus rropas de lienzo pintadas lisas y sus orillas galonadas a oro capa encarnada y tunica color bioleta siendo dicha obra para el pueblo de Cieza colocado dicha ymagen en la Ermita del Santisimo Cristo entramuros del pueblo enfrente de la Estacion mandada acer por D. Pedro Marín Martínez capellan de las Monjas Claras de dicho Pueblo y natural de el mismo pueblo. entregado el dia 10 de Octubre del año 1880 e llebado por dicha ymagen 2.900 reales.”; era ésta una muy fina talla de un tamaño inferior al actual pero hermosa en sus pliegues y formas. D. Pedro encargó también las túnicas, de percal rojo con un cordón blanco a la cintura, y los tradicionales gorros de “moco” coronados con una borla blanca en la punta.

La Imagen se custodió desde entonces en la Ermita del Santísimo Cristo del Consuelo, desde donde se trasladaba en la popular "Traída de los Santos” acompañada siempre de su famosa Banda de trompetas y tambores. El trono sobre el que desfilaba, de pequeñas proporciones, era obra del Maestro Cañamón y fue dorado por Ignacio Amoraga Latorre; estaba adornado con unos brazos desprendidos hacia abajo rematados en sus puntas por unas “bombas” de vidrio transparente que su primera Camarera, Dña. Pilar Gómez Marín, limpiaba con alballarde, y dentro de las cuales se introducían las velas que habrían de alumbrar el Paso. Una crónica de años posteriores nos recordaba: "era un Paso simpático -como su titular- modesto y ordenado; sus túnicas eran rojas y se colocaba en la Procesión detrás de la Oración del Huerto...", y continúa: “el gallo de San Pedro, en su alcandara, era un hermoso ejemplar disecado, cubierto de doradas plumas y coronado de enhiesta cresta roja, en actitud retadora de cantar".

Muerto D. Pedro en 1910, toma el relevo su sobrino D. Pascual Gómez Pérez; asimismo se hace cargo de la Camarería Dña. Josefa Gómez Pérez. En la siguiente década, debido al estrechamiento de los lazos que vinculaban a los Pasos que no poseían Cofradía propia con determinados oficios, posiblemente para asegurar su salida en procesión, el Paso de San Pedro se asigna a los labradores, por la relación del titular con las lluvias beneficiosas para las cosechas.

Tras la Guerra Civil, en que el Paso fue quemado, la familia de D. Pedro intentó recuperar el espíritu de la Cofradía, que resurgiría nuevamente en el año 1948 con una Imagen del escultor Francisco Palma Burgos, que difería notablemente del anterior, sobre un trono de grandes proporciones adquirido en Cartagena, que había sido realizado en 1898 por Juan M. Cervantes y que fue remozado en 1954 por el escultor malagueño afincado en Cieza Juan Solano, nombrándose entonces Presidente honorario a D. Pedro Pérez Gómez y siendo su Presidente efectivo D. Pedro Susarte García, el cual reorganiza la Cofradía en los tres años siguientes y sustituye las antiguas túnicas rojas por otras de color granate para los anderos, y rosa y oro en raso para los Nazarenos.

En 1952 la Cofradía intenta abordar la realización de un nuevo Paso, El Descendimiento de Cristo, acordándolo así la Junta de Hermandades Pasionarias a condición de que: "sea realizado por un escultor de mérito y sobre todo la figura central de Jesús tiene que ser de un artista de todo prestigio", y Ese mismo año se le autoriza a procesionar excepcionalmente el Viernes Santo en la noche en la Procesión del Santo Entierro con la Imagen titular. Pero los condicionantes de la época y la pérdida de entusiasmo de sus componentes, así como los problemas económicos que debe afrontar la Cofradía, por abandono de los socios y por las pretensiones de los anderos, que pretenden cobrar el doble de lo estipulado, 10 pesetas, dan al traste con el proyecto del nuevo Paso, aunque la Cofradía consigue afianzarse.

Tras la dimisión de D. Pedro Susarte en 1959, se hace cargo de la Cofradía D. Bartolomé Herrera Martínez.  Al mismo tiempo el Presidente honorario presenta ante la Junta de Hermandades Pasionarias el proyecto de un nuevo Paso, La Lanzada, que tampoco llegó a culminarse, entre otras razones porque la propia Cofradía no tenía noticia alguna de ello y tampoco estaba en condiciones de afrontar semejante gasto.

A D. Bartolomé Herrera le sucede en 1964 D. Juan Piñera Caballero, hombre especialmente entusiasta de las Bandas de cornetas y tambores, hasta el punto de tomar a su cargo las Bandas infantiles de la Cofradía del Santísimo Cristo del Consuelo y de su propia Cofradía, que acaban mezclándose para perder el tipismo que desde siempre las había enfrentado sanamente, desapareciendo para siempre la distinción entre las trompetas de San Pedro y las Cornetas del Santo Cristo.

D. Juan tratará de asentar por todos los medios definitivamente la Cofradía, pero tres años después dimite dejando paso a D. Juan Martínez Hortelano que le daría un fuerte impulso, al igual que su sucesor D. Francisco Barceló Peñalver.

En estos años la Banda alcanza cierta fama y renombre. No obstante, y en una época de verdadero auge para estas Bandas, no tardaron en surgir problemas, planteados esencialmente por las fugas de los que las componían de unas a otras, lo que provocó la protesta de la Cofradía que elevó recurso a la Junta de Hermandades Pasionarias, de modo que ésta acuerda en 1968 "que ningún corneta o tamborista pueda pasar a una banda si corresponde ya a otra", solicitando una lista de los miembros de éstas antes del quince de enero de cada año e imponiendo multas de cinco mil pesetas al que no las presente.

En 1972 toma posesión de la presidencia de la Cofradía D. Pedro Gómez Villa, que intenta, al igual que su antecesor, estabilizarla, viéndose obligado a dimitir sin conseguirlo en 1977, después de haber dejado de procesionar el año anterior por encontrarse sin Cofrades y con una Cofradía con muchas deudas a sus espaldas.

Tras el breve mandato de D. Manuel E. Semitiel López durante el año de 1978, en 1979 se pone al frente de la Cofradía D. Pedro Moreno que regirá sus destinos hasta 1987, restaurándose en esa época la Imagen del titular, recuperándose la Banda de cornetas y tambores, y renovándose además todo el vestuario que cambia sus ya tradicionales colores por el oro de las túnicas y el raso azul de las capas. Y en un intento más de consolidarse procesionan durante los primeros años de la década de los ochenta con una antigua Imagen de la Samaritana del escultor local Manuel Juan Carrillo Marco a la que denominan María de Cleofás.

En los años noventa, bajo la presidencia de D. José Martínez Caballero, la Cofradía remoza nuevamente el trono de su titular, que completará en el año 2000 con un nuevo juego de galas bordadas en oro, seda y pedrería sobre terciopelo por A. Morote Lucas, y adquiere su segundo Paso, Santa María de Cleofás, una Imagen de vestir obra del imaginero jumillano Mariano Spiteri, que procesiona por primera vez en la Procesión del Santo Entierro la noche de Viernes Santo de 1991, sumándose también desde 1997 a la Procesión del Resucitado, y cuyo ajuar se verá ampliado con la confección de un traje bordado en pedrerías por Dña. Mariana Lucas Santos en 1995 y por otro bordado en seda ese mismo año de 1997.  Del mismo modo se recuperan los báculos tradicionales de su Tercio de Nazarenos, realizados en el taller del orfebre ciezano Diego Penalva, al frente de los cuales desfilan desde 1995 dos faroles de Tercio obra del ciezano Manuel Caballero, quien también ese mismo año realizó una nueva orla dorada repujada para la Imagen titular. En 1995 estrena también un nuevo Estandarte (que sustituye al anterior realizado tras la guerra civil) bordado en Villena (Alicante) en oro y seda sobre terciopelo azul por Nati Vidal Vidal y un año después el restaurador ciezano Antonio García Egea restaura la Imagen de San Pedro.

Bajo la presidencia de su actual, Dª Amparo García Marín, se modifica el vestuario de andero, que ya había sufrido cambios en 1992, invirtiendo ahora los colores titulares de la Cofradía, azul y oro, y recuperando el tradicional gorro de “moco”. Igualmente, la Cofradía restaura en el año 2003 su guion y adquiere dos nuevos faroles de Tercio realizados en plata, y en el año 2004 inicia el proceso de realización de un traje y un manto, ambos bordados en plata, para la Imagen de Santa María de Cleofás y realiza otro vestido para la misma imagen en 2010.

En los años que siguen, la Cofradía aborda los proyectos de mayor envergadura, quizás, de toda su historia.

En el año 2006 su Titular estrena un nuevo trono tallado en madera con adornos en oro fino y policromía, puntas de vara y portacampana en un conjunto debido al artista cordobés José Carlos Rubio Valverde. Coincidiendo con la Bendición del nuevo trono, la Cofradía instaura el Traslado procesional de su Titular desde la Iglesia de San Juan Bosco hasta la Casa de los Santos el viernes previo al Domingo de Pasión.

En 2010 el propio Rubio Valverde realiza para la Cofradía también en madera y con adornos en plata un nuevo trono, con sus correspondientes puntas de vara y portacampana, destinado al nuevo grupo escultórico de las Santas Mujeres camino del Calvario, grupo formado por tres Imágenes de vestir (Ntra. Sra. de la Caridad, Santa María de Cleofás y Santa María Magdalena) obra del escultor cordobés Antonio Bernal Redondo, que es también el autor de la aureola de plata de la Imagen de la Virgen, y con el que la Cofradía desfilará a partir de ese año en la Procesión del Santo Entierro, procesionando también desde entonces el Paso Santa María de Cleofás sólo en la Procesión de Jesús Resucitado. A tal efecto, y después de dos intentos fallidos de restauración llevados a cabo por la Cofradía años atrás, José Carlos Rubio Valverde restaura y dora en oro fino el trono que hasta 2006 habían compartido San Pedro y Santa María de Cleofás, y sobre el que desde entonces sólo desfilaba la segunda.

En el año 2011 el Tercio infantil de la Cofradía participa por primera vez en la Procesión infantil de Sábado Santo con una imagen obra del joven escultor ciezano Pedro Sánchez Morcillo y, por último, pasada la Semana Santa, la Cofradía recibe de la Junta de Hermandades Pasionarias la aprobación a su solicitud de adjudicación del Paso Santísimo Cristo de la Expiración, con el que desfilará en la Procesión del Penitente en sustitución de su Titular, que sólo lo hará desde ese momento en la Procesión General.